女婴会阴部两侧是黑色，具体原因如下：1、卫生条件不好：卫生工作没有做好，有分泌物残留，造成会阴部两侧有黑色物质存在。此时通过清洗会阴部，黑色物质就会慢慢减少；2、母体激素影响：如果出现激素水平不均衡，也会导致女婴会阴部两侧是黑色，因为女婴受到母体激素的影响，形成假月经。此外，可能是因为女婴离开母体以后，下丘脑激素水平不平衡，即使出生以后，也会出现类似月经的东西；3、本身激素影响：因为女婴本身激素水平，比如肾上腺皮质功能亢进的时候，阴唇会发生黑色素沉着，所以也会出现会阴部两侧是黑色的现象。