孩子肚脐上方疼主要原因具体如下：1、胃部疾病：肚脐上方即上腹部，存在各种脏器，胃部疾病如胃炎、慢性胃窦炎、浅表性胃窦炎、十二指肠球部溃疡可出现上腹部疼痛，孩子可罹患胃病，因为生活节奏较快，饮食讲究快餐式，儿童患胃病、十二指肠溃疡在临床中较常见，年龄较小的孩子可出现胃部不适感；2、幽门螺杆菌感染：家长若存在幽门螺杆菌感染，由于我国不实行分餐制、公筷，通过餐饮可发生传染；3、肠系膜淋巴结炎：也可出现上腹部疼痛；4、受凉：晚上睡觉后保暖措施不足亦可引起上腹部疼痛；5、胰腺炎：少数儿童胰岛管先天性结构异常，胰腺位于上腹部、腹腔后，亦可出现腹痛。