切除扁桃体，通常不会对身体产生较大的影响。在4岁之前，身体免疫系统正在建立过程中，扁桃体具有重要的抗原呈递的意义，所以通常在4岁以前，不建议进行扁桃体切除。当4岁以后免疫系统已经趋于成熟，扁桃体作为外周免疫器官，免疫功能逐渐下降，至成年以后，扁桃体的免疫功能几乎已经退化，部分情况可以进行扁桃切除，包括以下几种：1、慢性扁桃体炎，并且反复发作；2、扁桃体过度肥大，影响到呼吸、吞咽或者发音功能；3、扁桃体已经作为全身疾病的病灶；4、患者是某些疾病的带菌者，例如白喉；5、存在扁桃体良性肿瘤，淋巴瘤怀疑在扁桃体有相应表现。通常切除扁桃体之后对机体的整体免疫力没有重大影响，去除已经是病灶或者病变的扁桃体，对身体反而有益。