女生每天早上肚子疼的原因可能有以下几点：1、膀胱充盈：晚上饮水后未解小便，晨起时膀胱充盈，可引起肚子疼，即被尿憋醒，尿过度充盈时引起小肚子疼，小便后症状可缓解；2、粪便储存：患者可能是直肠里有粪便储存，会引起直肠刺激，出现小肚子疼痛，一般排便后症状可缓解；3、不良应激因素刺激：患者可能是肠道受到不良应激因素刺激，如晚上睡觉时没有盖好被子而腹部受凉，恰好腹部和肠道又较敏感且易激惹，可引起肚子疼。此时一般进行热敷，如用暖水袋暖腹并盖好被子，或服用纠正肠功能药物，常用的有得舒特(匹维溴铵片)、援生力维(马来酸曲美布汀片)。经过处理后，如果疼痛不缓解或呈持续性，需考虑腹腔、盆腔是否有器质性病变，如直肠炎、直肠肿瘤、子宫肿瘤、子宫肌瘤、卵巢囊肿、卵巢肿瘤、输卵管肿瘤等，患者需到妇科和结直肠外科检查。