孩子发烧灌肠的副作用如下：1、肠道并发症：容易出现肠道穿孔，因为孩子肠道较娇嫩，用大量水或药物灌肠，可能使肠道过度扩张，出现肠道穿孔，导致腹膜炎、休克，甚至危及生命；2、刺激性过大：孩子发烧如果没有明显的不适症状，不用考虑处理，因为发烧是人体正常的反射，是人对抗病原和细菌的重要的手段，如果没有不适不用退烧，但灌肠本身对孩子造成的不适症状非常突出，不管是用冷盐水、冷水，还是加药，对孩子可能都刺激非常大，不仅起不到退烧的目的，而且会让孩子更加不舒服；3、损伤免疫力：灌肠药物常用的是冷盐水，但很多时候灌肠的同时还加药，尤其是加糖皮质激素或中药，对孩子的副作用也较大，因为肠道的吸收功能非常强大，把激素吸到体内之后会损伤免疫力。