非典型川崎病的危害最主要即由于非典型，通常导致其疾病诊断时间延迟，从而不能及时用药，进而使心脏冠状动脉瘤的发生率显著增高。若不能够及时诊治，出现冠状动脉瘤的发生率要高于典型川崎病。由于其症状不典型，没有显著的皮疹、眼睛红、手足硬肿、杨梅舌等表现，只有发热或其他系统表现，淋巴结肿大，没有典型表现，导致疾病诊断比较晚。典型川崎病应该在7-10天内用丙球治疗加大剂量阿司匹林以后，才能够预防出现严重的冠状动脉损害。而非典型川崎病很容易使疾病1周以上，甚至10天后才明确诊断，容易导致用药延迟。用药延迟以后会导致冠状动脉瘤的几率显著提高，由5%提高到30%左右，心血管并发症的可能性显著提高，导致以后出现冠状动脉狭窄、心肌缺血、心肌梗死的几率显著增高，终生需要服用药物。非典型川崎病的危害较大，在临床上学会识别非典型川崎病非常重要。有的川崎病突出的症状可能不是发热、皮疹、眼睛红、口唇干燥、皲裂、杨梅舌等，而可能是以面神经炎为主，以肾病综合征、抽风为主要表现。此类川崎病的诊断必须由非常有经验的医师进行，提高对非典型川崎病的认识，以减少其危害非常重要。