松果体在脑部是一个较小的内分泌解剖结构，可以分泌大量多肽类激素。其中主要分泌的激素是褪黑素和5-羟色胺，这两种激素分泌有明显的昼夜节律，褪黑素分泌后可抑制促性腺激素分泌。如果松果体发生病变，如患有肿瘤或其它原因造成褪黑素分泌水平下降，对促性腺激素的抑制功能会有所降低，从而会使患者出现性早熟表现。尤其是儿童患者，如果松果体区发生肿瘤，常会有性早熟，出现第二性征发育提前的情况。另外，5-羟色胺对于人体重要的功能调节也有一定作用。现代研究发现，松果体除分泌上述两种激素，还可以分泌多种其它类型激素，所以松果体虽然体积较小，但是其分泌的激素对人体正常生理功能维持较重要。