耐多药的治疗管理方式为住院、门诊治疗相结合。市、区、社区卫生服务中心三级联合管理，市级制定治疗方案、随访复查。区级结防机构负责协调。社区卫生服务中心或乡镇卫生院，定期督促患者服药、复查。一旦发现耐多药患者首先建议住院治疗1-2个月，可以减少与家人相处、减少传播。同时制定合理的治疗方案，住院期间观察患者对治疗方案的适应性、有无不良反应。治疗总疗程为18-24个月，后期要求居家隔离治疗，社区卫生服务中心或乡镇卫生院、村医，督导患者服药，定期门诊注射药物治疗。