小儿蛛网膜囊肿多见于先天性颅内囊肿，通过产前B超检查证实囊肿来源于胚胎早期发育变异或异位残留。大脑不同部位发病机制不同，如安上池囊肿、镰旁囊肿、四叠体池囊肿，多由于胚胎早期脉络丛变异、分布不均衡，导致中心部位残留，封闭脑积液，引起局部囊性占位、周边脑组织变异，最终出现胼胝体发育不良、脑发育不良等表现。侧裂部位囊肿，多由蛛网膜在额叶、颞叶分裂过程中产生异位残留，造成局部囊肿液体逐渐增加，最终引起局部占位。