尿道口囊肿有很多的病因，具体原因分析如下：1、尿道口周围的腺体感染以后形成空腔，时间长了液体就成了囊肿，比如尿道周围的尿道球腺、旁腺，一旦感染以后形成密闭的空间，液体聚积无法排出，就成了囊肿；2、尿道口囊肿可能是因为尿道本身的结构散到周围组织里，女性在生育或分娩过程当中，尿道周围的肌肉、韧带受损，尿道黏膜会散到周围的结构，时间长了就可能会形成独立空腔；3、囊肿原来可能不是囊肿，是和尿道本身相通的腺体，时间长了相通的地方变狭窄，就变成了囊肿。