胚胎停育的原因主要有胚胎染色体异常、夫妇染色体异常、生殖道解剖结构异常、内分泌因素等，具体如下：1、胚胎染色体异常：50%的早期胚胎停育或者自然流产存在胚胎染色体异常，分为胚胎染色体数目异常及胚胎染色体结构异常。胚胎染色体数目异常包括多倍体异常，如三倍体、四倍体，以及非整倍体异常，比如21-三体综合征、18-三体、13-三体综合征、Turner综合征。胚胎染色体结构异常大部分遗传自染色体平衡异位或者平衡倒位携带者父母；2、夫妇染色体异常：包括染色体平衡异位和平衡倒位携带者；3、生殖道解剖结构异常：比如子宫纵隔、宫腔粘连、子宫肌瘤、子宫内膜息肉等；4、内分泌因素：比如甲状腺功能减退、甲状腺功能亢进、多囊卵巢综合征、黄体功能不全、高泌乳素血症、糖尿病等；5、其他因素：如生殖道感染、免疫及血栓性疾病，其中免疫及血栓性疾病约占母体因素的50%-60%，还有男性原因、疾病原因、环境因素、精神因素、药物因素、不良生活习惯、营养状况及不明原因的胎停育等。