男性小腹隐隐作痛的原因如下：1、腹腔脏器的器质性病变：如小肠炎症性病变、肠结核、克罗恩病，肿瘤性病变包括小肠间质瘤、小肠腺癌等，还有左半小腹的乙状结肠病变、溃疡性结肠炎以及左半结肠肿瘤，如直肠癌、乙状结肠癌、直肠腺瘤、乙状结肠腺瘤等；2、膀胱疾病：如膀胱炎、膀胱憩室、膀胱肿瘤、前列腺炎以及前列腺肿瘤、精囊腺肿瘤、精囊腺炎等；3、植物神经功能紊乱：常见的是肠功能紊乱或应激性便秘等，此时可以服用得舒特，如果有便秘可服用令泽舒，也叫利那洛肽，还可以补充益生菌，如乳酸杆菌调节肠道的菌群。