自身免疫性脑炎临床上轻症患者80%预后良好，个别重症或合并症较多患者会遗留后遗症，常见后遗症包括精神症状与癫痫发作，并非重症患者均会有后遗症。临床上曾有重症患者于ICU重症监护室住院3-4个月后发现为畸胎瘤，至外科进行畸胎瘤手术切除，给予免疫治疗后恢复良好，3个月后复查评估此患者达到95%以上正常人日常生活能力。自身免疫性脑炎如及时治疗，则预后良好。