单侧肾囊肿的治疗，需要根据肾囊肿的具体情况而定，具体如下：1、如果单侧肾囊肿<3个，大小<5cm，向外生长，则通常不需要特殊治疗，进行临床观察即可；2、如果囊肿的数量多，体积比较大，向内生长，并且有可能对肾脏造成压迫，导致病人损失一部分肾功能以及出现局部的结石、诱发感染等，这时需要积极治疗肾囊肿。通常治疗的方法是手术治疗，包括穿刺抽囊液和打固化剂、去顶减压术、囊肿切除术。