阴茎的刺痛有以下几方面原因：1、阴茎炎症：比如包皮龟头炎，包皮龟头炎症的患者，尤其是细菌感染导致的包皮龟头炎患者会出现疼痛症状，患者感觉刺痛，这时可以检查包皮和龟头有无异常，如果包皮红肿，龟头表面有红点、红斑或者大片红肿，初步判断是包皮龟头炎，应该及时到医院进行检查和治疗；2、阴茎硬结症：阴茎硬结症是由性生活过程中性生活动作、姿势不当造成，阴茎海绵体出现血栓，刚出现血栓时不会摸到硬结，但是会出现明显的疼痛。如果出现不明原因的阴茎刺痛，应该及时到医院进行进一步的检查。