复杂性肛瘘的治疗现在比较科学的方法，尽量损伤小，保护肛门功能，复杂性肛瘘有一个内口有多个外口，有低位复杂性肛瘘，还有高位复杂性肛瘘，像低位复杂性肛瘘，把窦道多个外口都应该切开，能缝合的缝合，能留桥的留桥，对口引流，还有的可以挂线，像高位复杂性肛瘘，低位部分就是复杂性，低位部分有切开、挂线，高位的地方一定要挂线，因为高位的地方怕损伤到括约肌，括约肌损伤之后容易引起肛门畸形、肛门失禁，所以复杂性肛瘘治起来应该是很复杂的过程，怎样能保护肛门的功能，损伤小、愈合快，就怎么治疗，治疗的越好。