舌咽神经痛主要的症状是在舌咽神经分布的区域引起的疼痛。多数病人就诊时，主诉是舌根部疼痛，其次是耳朵内的疼痛，即耳蜗疼痛。疼痛分布的区域主要包括舌根、咽部、扁桃体、下颌以及耳屏后方。疼痛的性质和三叉神经疼痛的特点类似，即刀割样、针刺样或是电击样疼痛，每次持续的时间是数秒钟到数分钟，且有间歇期，部分特殊的病人会引起晕厥，甚至出现心律失常的表现。