牙周袋的形成机制是结合上皮向根方迁移，即病理性龈沟的加深，发展为牙周袋。正常情况下龈沟是有结合上皮的，结合上皮附着在釉牙骨质界，釉牙骨质界就是牙冠和牙根交界的位置。如果发生炎症，如牙周的厌氧菌、细菌、微生物引起结合上皮破坏，周围牙龈结缔组织炎症反应导致结合上皮向根方迁移，形成牙周袋。对于牙周炎的患者，牙周袋形成一方面是结合上皮向根方的迁移，同时可能会有软组织和牙床，专业术语为牙龈出现炎症、红肿、肿胀，同时向冠方也有移动。所以临床上实际牙周袋的深度既有结合上皮向根方的迁移，也有牙龈边缘向冠方的增生、红肿所导致。