真菌本身的生长方式以及它对药物的不敏感性，所以治疗起来非常棘手。如果放在过去失明的几率还是比较高，但是随着医学科学的发展强效抗真菌药物的出现，真菌性角膜炎失明的几率在逐渐下降。目前抗真菌比较有效的药物有伏立康唑，对真菌的抑制有很强的作用。一方面有这些比较特效的或者抗真菌效果比较好的药物的出现，使真菌性角膜炎的治愈率有了很大的提高。另一方面随着角膜移植技术不断完善，以及角膜捐献、角膜供体材料的逐渐增多，对药物难以控制的真菌性角膜炎，可以采取角膜移植的方式，使真菌性角膜溃疡或者真菌性角膜炎得到彻底的根治，避免真菌性角膜炎的患者出现失明。