复杂性肛瘘是相对单纯性而言，在概念上是指瘘管具有较多分支，甚至可能会出现绕着肛门一周情况。但是也会有相应的内口，基本手术模式在普通肛瘘基础上稍微增加处理措施，在愈合方面相对普通肛瘘稍微复杂。关键在于内口的寻找，万变不离其宗。复杂肛瘘亦有内口。通过找到复杂性肛瘘的内口，进行处理到位其成功率基本上可以得到保证。对于分支的处理，关键还是需要扩创到位，愈合的可能性较大。复杂性肛瘘相比起普通肛瘘的复发率偏高，但是只要把握好寻找内口的关键，总体复发率则可以控制在较低水平。