自然流产的原因有很多，而占到比例最大的是来自于胎儿的因素，也就是胎儿染色体的异常，胚胎染色体的异常可能占到自然流产原因当中的50%-60%，也就是说多半的自然流产是由于胚胎本身的染色体的异常所造成的，像这样的胚胎，用再多的保胎药物也是无济于事。除此之外，另外还有母体的因素可以造成自然流产，比如说母体有全身性的疾病，严重的感染、高热、肝肾功能的异常，还有严重的高血压、贫血都可能造成流产，还有母体的生殖器官的发育异常，比如子宫的畸形、子宫腺肌病、巨大的子宫肌瘤，都可能造成流产。第三点是母体内分泌异常，比如黄体功能不足，孕酮低，其实只占到自然流产原因中很少部分，另外还有甲状腺功能的异常、糖尿病，都可能会造成自然流产。第四点是创伤以及不良的生活习惯，比如抽烟、喝酒，创伤包括心理性的创伤和生理上的创伤，都会造成自然流产。还有免疫因素，包括母体有自身的免疫以及同种免疫，都可因为抗体的产生而造成流产，还有很罕见的因素，如父亲可能出现染色体的问题或者精子的异常。以及环境因素，比如化学因素、放射线等等都可造成自然流产。