病毒性脑炎只是颅内感染性疾病的一种类型。颅内感染因为致病病原菌不同，颅内感染又分为细菌性脑膜炎、结核性脑膜炎、真菌性脑膜炎，真菌性脑膜炎以隐球菌性脑膜炎为常见。以下类型疾病与病毒性脑炎需鉴别诊断： 1、化脓性脑膜炎，由于化脓细菌导致颅内感染，引起脑基膜化脓性的炎症，合并有化脓性的脑膜炎或者是脑脓肿，患者病前常见到皮肤破溃感染，或是部分病人由化脓性中耳炎继发感染； 2、结核性脑膜炎，是由结核分枝杆菌引起的颅内感染性疾病，常继发于粟粒性肺结核，或者体内其它脏器出现结核病的感染，临床表现结核中毒症状，既出现午后潮热，夜间盗汗，常有脑神经的损害，如动眼神经的损害，导致眼球运动障碍，完成肺部CT检查，发现有活动性的肺结核，或者陈旧性的肺结核； 3、隐球菌性脑膜炎，由于隐球菌感染导致颅内感染性的疾病，临床表现主要是发低热，具有明显的头痛，发热的情况没有结核性脑膜炎盗汗现象，或者午后潮热的现象，主要是颅内感染相应的鉴别，通过腰穿，脑脊液的检查进行鉴别； 4、复发性的、无菌性的脑膜炎，中毒性的脑病，或者说脑肿瘤等。