巧克力囊肿手术最佳时间，目前没有一个明确的定论，要结合病人情况而定。如果是没有生育的卵巢巧克力囊肿的腹腔镜手术最佳时间，只要躲开月经期就可以；当然这些患者往往合并有不孕方面的检查，最佳时间是在月经干净的3-7天。因为月经干净3-7天，这时对于一个不孕患者评估不孕的原因，做输卵管的检查以及宫腔的检查很有必要。合并卵巢巧克力囊肿，在剥除囊肿腹腔镜手术的同时做一个不孕方面的检查，比如宫腔镜下的宫腔不孕评估，以及双侧输卵管通畅的试验，而且这个时间最佳。