卵巢巧克力囊肿比较严重，因为卵巢巧克力囊肿在临床上具有复发性，并且若囊肿存在时间较长，还可能导致盆腔组织黏连；也可能影响到泌尿系统，比如造成输尿管本身弯曲引起尿潴留，或引起肾脏积水。卵巢巧克力囊肿要及时给予治疗。若直径＞4公分，通常建议手术切除治疗。尽管切除了卵巢巧克力囊肿，也要进行后续用药治疗，比如注射盐酸曲普瑞林，可减少其复发可能性。此外，术后饮食上尽量不要吃含有雌性激素的食物，比如洋葱、蜂蜜、蜂王浆、雪蛤等。因为上述食物当中分别含有动物性雌性激素或植物性雌性激素，也可能对巧克力囊肿的复发起到辅助性的作用。