腓骨肌萎缩症的治疗时间比较长，是综合的治疗过程，需要在医师的指导下进行较好的配合，预后不是特别理想。腓骨肌萎缩症一般没有有效的治疗方法，多通过综合治疗、对症治疗，可以应用手术矫正畸形、营养支持疗法、适当运动、康复治疗以及理疗等综合的措施。注意要在营养师指导下保证营养支持疗法，可以适当使用维生素B族、蛋白质等营养物质。还需要在医师的指导下，适当采用一些运动，延缓肌肉的萎缩，可以加上器械的训练，在康复医师指导下进行各种肌肉活动。如果出现了足部的畸形等，要进行手术的矫正和治疗，延缓疾病的进一步发展。