胚胎发育迟缓的机制目前还是不明确，一般认为胚胎发育迟缓和胚胎的染色体异常有关。胚胎从受精卵到胚胎分裂、分化等一系列复杂的变化，最终会产生一个新的个体。在这一过程中胚胎发生最频繁的遗传物质的复制和分离。在这个过程中，精准的调控是保住子代正常生长发育的关键，而每一步出错就可能导致胚胎发育异常，导致胚胎停滞。细胞的周期检查点可以监控细胞周期中关键的事件，以便及时纠错，如纺锤体组装检查点，是非常重要的监视通路，它能够通过控制染色体的错误分离，子代细胞内的染色体数目异常而非整倍体是导致胚胎早期发育停滞、流产和出生缺陷的重要原因。胚胎植入前遗传学诊断检测的数据也表明，胚胎的非整倍体的发生率在30%-70%左右。一项对异常发育停滞胚胎的研究也表明，在异常的胚胎中也会出现轻度异常、中度异常和混乱异常的胚胎染色体存在。这些是因为在这些发育停滞的胚胎中的胚胎纠错功能去发挥作用。因此，囊胚的染色体异常会有所改善，是因为胚胎有自我纠错功能所造成的。