早上起床头皮神经痛的原因如下：1、头颅问题：对于有高血压、心脏病、动脉硬化患者，通常在夜间由于各种原因罹患脑出血，建议及时到神经内科进行会诊，进行头颅核磁共振检查明确是否有颅内病变；2、颈部肌肉紧张：夜间睡眠时由于颈部肌肉紧张、痉挛，刺激颈神经产生疼痛，通常由于患者平素有颈椎病病史，睡眠时由于小关节病变，导致颈肩部肌肉紧张，刺激颈神经。上位颈神经支配头部，所以会导致头皮神经痛的症状；3、不良生活习惯：患者有熬夜的不良习惯，作息时间不规律，导致睡眠不足，患者晨起后会有头皮神经痛的临床症状。