巧克力囊肿应当被称为卵巢子宫内膜异位囊肿，属于卵巢型的子宫内膜异位症，是由于子宫内膜异位到卵巢所出现的疾病。针对巧克力囊肿，实际上并没有特别好的特效药，最主要的还是需要依赖于不同女性的症状、体征以及妊娠需求等，来进行综合性治疗方案的选择。一、减轻疼痛：对于主要目的是减轻疼痛，而并不需要对于生育功能有任何要求，即无所谓未来妊娠或者是无法妊娠，止痛效果为最重要目的的女性，可以单纯应用非甾体消炎药来进行止疼。二、妊娠需求：很多年轻女性患有此类疾病，希望能够保留妊娠能力，但由于巧克力囊肿有可能会发生反复性破坏以及反复与周围组织的粘连，将会影响未来的生育能力。因此对于希望保留生育功能的女性，可以采取假孕疗法或者是假绝经疗法。1、孕激素：可以应用高效的孕激素来促进子宫内膜的蜕膜化，也能够让子宫内膜呈现一定的萎缩状态，对于巧克力囊肿也有一定的效果；2、避孕药：在应用上述药物时，将会导致较长时间的闭经，可能有部分女性无法接受，这类女性也可以选择应用口服的避孕药，口服避孕药可以抑制卵巢排卵，也对巧克力囊肿有一定的治疗效果。但应用口服的短效避孕药，也容易导致肝肾功能损伤和增加血栓形成的风险，而最重要的是，在应用口服的短效避孕药时无法怀孕，所以也有一定的问题；3、其他药物：除上述药物外，还有一些适合假绝经疗法，比如达那唑或者是GnRH(促性腺激素释放激素)。应用这类药物时，本身属于低雌激素、低孕激素水平的状态，所以也有可能会出现雄激素水平升高状态，潮热、出汗等更年期症状。所以，这些药物有副作用，具体情况还是需要结合每个人不同的症状、生育的要求以及体征来综合判断。