宝宝打干扰素的副作用主要包括以下几个方面：1、出现类似流感的症状：可以表现为乏力、畏寒、头痛、全身肌肉酸痛等临床症状，当停用药物后，上述临床症状会逐渐减轻和消失；2、对血液系统的抑制作用：部分宝宝可能会出现一过性的血红蛋白下降或白细胞总数下降，同时伴有中性粒细胞的绝对值下降，另外一部分宝宝可能会出现血小板计数的下降，但多属于暂时的症状，一般停用药物后，血液的抑制作用会逐渐减轻和消失，全血细胞会逐渐恢复正常；3、其它副作用：部分宝宝会引起血脂异常，可能会出现甘油三酯升高。除此以外，可能会影响甲状腺功能，甚至出现甲状腺功能减退的现象。