吸烟对甲状腺会产生直接或间接地危害，甲状腺通常会出现各种的疾病，绝大部分和自身免疫相关，吸烟里面的有害物质多达上百种，对免疫系统产生严重的损害，如甲状腺自身免疫性的炎症、弥漫性的甲状腺肿伴甲亢，都是和自身免疫相关的疾病。吸烟有可能影响、破坏、降低免疫功能，使得自身免疫性甲状腺相关疾病发生的风险明显增加，如弥漫性甲状腺肿伴甲亢患者，有可能出现甲状腺相关炎病，如果吸烟有可能加重，炎病的明显病情。由于烟里面的焦油和尼古丁，会刺激成纤维细胞，产生更多的黏多糖，而且能够使得白介素1增强，加重甲状腺眼睛周围的炎症反应。甲状腺疾病的患者无论是否吸烟，都应该远离吸烟，同时要远离二手烟。