宫颈癌2价疫苗可能会出现局部副作用，如硬结、红肿、疼痛，部分人可能出现低热，一般在38℃以下，这些局部副作用通常48小时之内会消退。部分疫苗可能导致过敏反应，但概率较小，所以注射完疫苗后要观察半个小时才能离开接种点。宫颈癌2价、4价、9价疫苗较安全，以局部副反应为主，目前没有发现有长期副反应，如对生育、发育的影响，或增加免疫系统疾病发生的概率等。2017年时WHO(世界卫生组织)有个立场文件，专门解答宫颈癌疫苗的安全性问题，也是以局部的副反应为主，而且是可控的局部的副反应，目前暂时没有发现有长期影响。WHO提出了希望在全世界内消除宫颈癌的愿景，因为宫颈癌的防控效果较好，发生的主要原因是HPV(人乳头瘤病毒)感染，HPV可以通过疫苗降低感染率，从而减少宫颈癌的发生。