上下颚咬合时耳根处疼痛建议挂口腔科进行诊治，如果去口腔医院，建议挂口腔颌面外科，另外还可以挂颞下颌关节病科，进行专业诊治。如果出现上下颚咬合时耳根处疼痛，最有可能的就是患有颞下颌关节紊乱综合征，是口腔科非常常见的疾病，主要是由于双侧颞下颌关节区紊乱以及肌肉组织紊乱，从而出现疼痛。出现疼痛时，可能患者的张口度、张口型以及咬合都会出现紊乱及不适，此时建议患者先进行保守治疗，可以给予热敷以及理疗、针灸等治疗。对于较严重的颞下颌关节紊乱综合征患者，并且伴有口腔颌面部的解剖结构变异以及变形，甚至需要进行手术治疗，才能改善疼痛。