患者服用益生菌初期无症状，通常5-7天才可产生效果。所谓有效即清除消化道不正常菌，而使正常菌有机会生长，通常1周左右可生长到一定比例，患者才会有症状改善。若症状得到改善说明目前服用的益生菌为消化道需要的益生菌，而具体服药时间需根据患者急性胃肠炎或腹泻时间及程度而定，多数患者服药疗程平均为10-14天。若大便出现便秘或干燥，则需使用药物对菌群进行调整，目前益生菌有收敛作用，但通常不会影响大便性状或产生较多副作用。另外，益生菌的种类不同对肠道的作用不同，部分可起到补充需要益生菌的作用，部分可使条件致病菌比例下降，还有部分可使正常的菌群有机会生长且恢复正常比例，因此服用益生菌初期3天内通常不会有明显效果。