肝外胆管结石一般多位于胆总管的末端，少数有特殊解剖异常或合并其它病变的结石，有可能会位于肝总管附近。​1、胆总管末端：在正常情况下，左右肝管、肝总管以及胆总管被称为肝外胆管，胆汁一般是从肝内经过胆总管，最终进入十二指肠内，这是正常的胆汁运行方向。在没有特殊狭窄的情况下，结石会顺着胆汁向下排，而在胆总管末端进入十二指肠之前，存在括约肌的结构，这个位置的胆道相对最为狭窄，所以结石往往会停留在狭窄近段的位置，这也是胆总管结石多位于胆管末端的原因；2、肝总管附近：临床上还有少数患者可能存在特殊的胆管解剖异常，比如有少数患者可能存在胆囊颈部的巨大结石，压迫胆总管，在受压的胆总管近端，有可能会形成结石。因为胆总管受压，结石也就无法向下排出，所以结石的位置可能会位于肝总管附近。