慢性结肠炎的治疗首先要积极治疗病因，慢性结肠炎病因比较复杂，常见的有非特异性结肠炎，如肠易激综合征、炎症性肠病、肠菌失调、小肠吸收不良。目前认为与感染、免疫、遗传、环境、食物过敏、肠黏膜防御功能障碍及精神因素有关。 慢性结肠炎病程长，病情绵延不断，反复发作，狭义指的是溃疡性结肠炎。要防止进食过冷、过热、辛辣食物，防止冰镇食品，避免奶制品、海鲜、牛肉，要少渣饮食。药物的选择要依据病情轻重和病变部位而异，一般首选水杨酸制剂。水杨酸制剂含有柳氮磺胺吡啶，简称SASP，还有各种类型的5-氨基水杨酸制剂，简称5ASA。5-氨基水杨酸制剂根据释放部位和机制不同，有前体药物，含有奥沙拉嗪、巴柳氮和美沙拉嗪，这三种药用于治疗和维持治疗。 皮质激素主要用于中重度结肠炎或水杨酸制剂治疗效果不好的这类患者。免疫抑制剂主要用于激素无效和依赖或不能耐受上述药物治疗的患者。这类药物有硫唑嘌呤、6-巯基嘌呤、环孢素A等，生物制剂有英夫利西、阿达木单抗，是这几年用于治疗中重度溃疡性结肠炎起到良好疗效的药物。但这类药物有严重感染的风险，用药期间要严密监测，手术治疗。对于内科治疗效果不佳，出现严重并发症的患者，要考虑及早手术治疗。