右侧卵巢囊肿的治疗，需要结合具体情况来定，具体如下：1、生理性的囊肿：可以定期观察，一般囊肿直径＜5cm，在月经以后会消失。如果持续存在或者不是单纯性囊肿，伴有分隔或者有高回声，需要手术治疗。根据术前的判断，结合肿瘤标志物和CT的结果，如果是良性，可以考虑进行腹腔镜检查，必要时术中送冰冻病理判断良恶性。如果术前高度怀疑是恶性，要结合具体的期别。如果是早期，可以进行全面分期手术，需要开腹手术；如果已是晚期，有可能需要先做新辅助化疗，这时候可以做腹腔镜，取病理活检以后尽快化疗，化疗几个疗程以后，再进行全面的分期手术；2、巧克力囊肿：如果是巧克力囊肿直径＜4cm，可以给予药物治疗，包括口服避孕药，GnH类药物、地诺孕素等。如果直径超过4cm，有手术指征，也可以考虑手术治疗，术后还需要继续用药，防止复发。