尿道口有红泡泡的原因有以下几个方面：1、囊肿：如果囊肿有感染或出血，会引起尿道口水疱；2、过敏：如果尿道口对某些药物过敏等，会起水疱；3、局部炎症：局部炎症后黏膜出现水肿，会形成小红泡泡；4、疱疹：如果患者感染疱疹后，会出现尿道口或冠状沟处有水疱。当出现尿道口红泡泡时，应注意保持局部清洁卫生，尽量多排尿，清除炎症，可以进行细菌学检查，包括HPV检查，了解造成红泡泡的原因。如果红泡泡长期不好，逐渐增大，应进行手术切除。手术切除后可以做病理化验，明确到底是感染引起的，还是先天性的小囊肿。根据小红泡泡形成的时间长短，变化情况，有没有症状，判断是什么原因，需要进一步怎么治疗，小红泡泡影响不大，但是应该注意尽早将其消除。