磺达肝癸钠和肝素均具有抗凝作用，区别主要表现在以下方面：1、来源不同：磺达肝癸钠属于人工合成药物，而肝素属于天然产物，肝素最早是在肝脏中所发现，也由此命名为肝素；2、分子量不同：磺达肝癸钠的分子量相对较小，而肝素具有较大的分子量；3、代谢不同：磺达肝癸钠具有较长的半衰期，而肝素的半衰期较短，药物在体内的代谢较快，因此常需要多次给药；4、不良反应不同：磺达肝癸钠的出血风险较低，而肝素的出血风险相对较高。一旦患者出现用药过量所导致的出血，使用肝素时可使用鱼精蛋白进行拮抗，而磺达肝癸钠便没有特效的拮抗剂。总之磺达肝癸钠和肝素均具有抗凝效果，相比较而言，来源、分子量、不良反应还有药物代谢时间，均具有相关的区别。