脑干缺血的最佳治疗方法为根据缺血的原因治疗，具体治疗方式如下：1、控制病因：如血压、血糖、血脂，同时给予抗血小板聚集的药物，如阿司匹林、氯吡格雷改善血液循环、改善症状，以及应用稳定斑块和化栓的药物，如阿托伐他汀；2、调整不良习惯：如戒烟、戒酒等；3、适当锻炼：一般以有氧运动为主，如快走、慢跑、游泳可以改善血液循环；4、注意饮食：一般以低脂、低糖、低盐、优质蛋白质饮食为主，如进食鱼、虾、蟹，保证大脑供血，改善脑功能，改善症状。