男性尿道拭子检查会痛，因为尿道拭子检查，需要将尿道拭子插入尿道内，且要插到前尿道的后方，需要插的比较深。然后在尿道内轻轻的转动，将尿道内的分泌液取出，这样才可以取到有效的分泌液，检查的结果准确性才高。男性的尿道主要有尿道黏膜，当尿道拭子插入后，就会刺激尿道黏膜，尿道黏膜神经末梢比较丰富，所以会有疼痛的表现。男性尿道拭子检查虽然有疼痛，但是大多数人都可以耐受。其检查的目的就是要取到分泌液，然后查找具体致病菌存在，再选择敏感的药物进行治疗。在进行尿道拭子取分泌物的操作后，一定要多喝水、多排尿，可以吃广谱抗菌素，避免检查后尿道黏膜出血、水肿加重、疼痛加重的现象，以及进行尿道拭子检查后患者的症状更加明显的现象。