男性小腹疼痛的原因，常见的包括以下几点：1、肠功能紊乱：小肠出现失节律性收缩，正常人的小肠会进行3-5次/分的有节律性收缩，如果肠功能紊乱，小肠收缩的节律发生改变，有时可能会达到7-8次/分，甚至＞10次/分，这时小腹就会出现疼痛的感觉，可以进行肠功能紊乱的纠正，口服药物，补充益生菌，纠正肠功能紊乱，菌群失调，通常可以取得不错的治疗效果；2、肠道炎性病变：如直肠、乙状结肠出现病变，患有直肠炎、乙状结肠炎，还常见于溃疡性结肠炎的情况，小肚子也会出现疼痛；3、肠道占位病变：如果出现直肠肿瘤性病变，如直肠腺瘤、直肠癌、乙状结肠腺瘤、乙状结肠癌等，也会引起小肚子疼痛，可以进行结肠镜检查明确诊断；4、男科疾病：例如膀胱炎、膀胱肿瘤、精囊腺炎、前列腺肿瘤、前列腺炎等病变，也会引起男性小腹疼痛。