引起半夜腹部疼痛的因素主要如下：1、小肠病变：常见的炎症性疾病如克罗恩病、肠结核等，可出现腹部疼痛。还有肿瘤性疾病，如间质瘤、淋巴瘤、小肠腺癌，还有血管畸形等，也会引起腹部疼痛。肠功能紊乱或肠易激综合征，如半夜时腹部受凉，可刺激小肠而发生痉挛性收缩，进而引起腹部疼痛；2、结肠与直肠病变：有炎症性或肿瘤性疾病，如溃疡性结肠炎、直肠癌、结肠癌、结肠腺瘤的呢，都可引起腹部疼痛。这时需做结肠镜观察是否有疾病，有时则需治疗；3、盆腔脏器病变：如膀胱是否充盈，半夜是否憋尿，憋尿时可有腹部疼痛的情况，此时还需观察膀胱有无肿瘤或炎症性病变；5、女性相关疾病：女性子宫、卵巢、输卵管的炎症、囊肿、肿瘤等，都可能引起腹部疼痛；6、男性相关疾病：前列腺、精囊的病变也可引起腹部疼痛。