男人器官上面疼主要指的是阴茎根部或头部的疼痛，或是会阴部的疼痛，这些疼痛的原因主要见于以下几种情况：1、炎症：最常见的是局部炎症，包括前列腺炎症、尿道炎症、龟头炎症、冠状沟、包皮的炎症等，包括泌尿系炎症，这些都会引起男性生殖器官的局部疼痛。如果有压疼比较明显，需要用一些消炎药来解除炎症，减少疼痛；2、神经痛：如腰椎间盘的问题或骶部的神经受压，骶尾神经受压以后，也会引起阴茎或生殖器官局部疼痛，这称之为神经性疼痛，进行磁共振检查，了解脊髓的情况，可以明确诊断；3、放射疼：如输尿管结石引起输尿管梗阻，可以放射到男性的生殖器官；4、膀胱疾病：膀胱区域的疼痛，膀胱炎症也引起下腹部的疼痛；5、海绵体硬结症：还有一种疼痛是生殖器官的海绵体硬结症，一些损伤、钙化、纤维组织的增生，阴茎海绵体硬结症这种疼痛，通常是在勃起时疼痛，阴茎海绵体损伤是造成哪个部位的损伤，引起哪个部位的疼痛。所以，男性生殖器上面的疼痛，需要明确具体原因，是压痛、神经痛、放射痛，还是局部是否有结节或增生。进行阴茎、男性生殖器官上面的彩超检查，有时间需要做前列腺按摩检查或CT检查，根据疼痛的部位和原因，需要进一步的检查，明确诊断，对症治疗。