导致生化妊娠的原因主要有以下几种：1、胚胎染色体异常：由于在精子、卵子、受精卵形成过程中可能会出现错误，从而导致胚胎的染色体异常。胚胎的染色体异常是出现自然流产，或者生化妊娠最常见的原因；2、内分泌问题：如甲状腺功能、血糖、性激素异常，最主要的是黄体功能不全所导致的生化妊娠；3、免疫因素：如孕妇有免疫性疾病，或母体对胚胎出现免疫反应，也会导致生化妊娠；4、子宫局部问题：子宫内膜有病变，如子宫内膜损伤、宫腔粘连等都有可能影响到胚胎着床，从而出现生化妊娠。