胃肠道间质瘤是发生在胃肠道的平滑肌上的肿瘤，以往医学上分为胃肠道平滑肌瘤和胃肠道平滑肌肉瘤，分别是良性和恶性两种。但经过医学多年的临床观察研究，此病理区分较为不科学，后医学上把胃肠道的平滑肌发生的肿瘤，统一称作胃肠道间质瘤，胃肠道间质瘤具有复发转移这样的特性，通常当作恶性肿瘤来处理。胃肠道由三层组织组成，食物经过的组织是黏膜，黏膜外有肌肉，肌肉层收缩，能够帮助消化，和推进食物往前，最外面有一层光滑的膜称作浆膜。胃肠间质瘤常发生于肌肉层。