胚胎发育有多种原因，具体的常见原因如下：1、胚胎本身原因：比如先天有染色体异常、基因异常以及胚胎本身的畸形，胚胎自身的原因占到50%以上，染色体异常概率比较高。所以如果发现胚胎发育不好，在做流产时最好可以做胚胎染色体相关的检查，以预防再次怀孕后的某些胚胎异常；2、孕妇原因：若孕妇有某些较严重的基础疾病，而且没有经过治疗或治疗以后控制效果较差，也会影响胚胎的发育，比如严重的慢性高血压、糖尿病血糖控制比较差或没有控制的甲状腺疾病，甲状腺功能减退、甲状腺功能亢进，但没有吃药，还有些是免疫系统疾病，比如红斑狼疮、抗磷脂抗体综合征等，还有内分泌疾病；3、父亲原因：比如精子的异常也会导致胚胎发育不良。