怀孕40天小腹隐隐作痛，常见以下几种原因：1、先兆流产：先兆流产在妊娠早期比较常见，有不少女性在怀孕早期都会出现下腹部隐痛，或者伴有阴道少量出血的现象。通过超声检查确认是宫内怀孕，排除宫外孕后，可诊断为先兆流产。先兆流产一经诊断，建议给予保胎治疗，可通过适当卧床休息、给予口服或者肌肉注射黄体酮，或口服地屈孕酮。进行保胎治疗以后，大多数先兆流产症状会逐渐缓解，直到最后消失。所以通常母儿预后较好，无不良妊娠结局。但当阴道出血持续存在，经过保胎治疗2周以上仍不能缓解，或者出血量增多伴有腹痛的症状，有可能导致自然流产或者胚胎停育，需要给予超声密切观察、随访；2、宫外孕：宫外孕早期会在一侧下腹部出现隐痛现象，同时伴有阴道少量出血。宫外孕一旦破裂，则会导致一侧下腹部撕裂样剧痛，同时腹腔内出血，引起失血性休克较危险。