胃蛋白酶原是胃蛋白酶的前体，分泌基于胃腔的胃蛋白酶原，在胃液的酸性环境中转化为有活性的胃蛋白酶，发挥其消化蛋白质的作用。胃蛋白酶原可根据生化和免疫活性特征分为胃蛋白酶原Ⅰ和胃蛋白酶原Ⅱ。胃蛋白酶原Ⅰ是检测胃泌酸腺细胞功能的指标，胃酸分泌增多，胃蛋白酶原Ⅰ升高，分泌减少或胃黏膜腺体萎缩，胃蛋白酶原Ⅰ降低。胃蛋白酶原Ⅱ与胃底黏膜病变的相关性较大，相对于胃窦黏膜，其升高与胃底腺管萎缩，胃上皮化生或假幽门腺化生、异型增殖有关。胃蛋白酶原Ⅰ比胃蛋白酶原Ⅱ比值进行性降低，与胃黏膜萎缩进展相关。