若肝内胆管结石合并胆道狭窄、肝萎缩、胆管癌、肝脓肿、胆道出血，可考虑行肝切除，将长有结石的部分肝脏切除，才能将结石彻底切除。若肝内结石较少位置处于肝内较细的胆管，可利用胆道镜在肝外胆管做切口，将肝内结石取出。若存在胆石、残石，术后可利用胆道镜通过窦道，将残石取出或利用药物进行化石，但效果不显著。另外，减少饮酒及高脂饮食，可以降低肝内胆固醇和胆汁浓度，可以抑制结石形成，或进一步生长。 肝内胆管结石较为高发，治疗较为困难，因为结石存在肝内，从肝脏表面无法观察，所以从肝脏外将结石取出较为困难。一般肝内结石单发且无合并肝外胆管和胆囊结石，通过手术较难清除。因为小结石而切除肝脏手术创伤面较大，因此无症状胆管结石可以不治疗，观察随访即可。