一般脑血栓的恢复期在半年之内，部分患者在一年内也还会有部分恢复，通常脑血栓症状超过一年依旧未恢复，可称为脑血栓后遗症。患者后遗症根据损伤部位及大小会有不同，表现也会有相应的不同。 首先有可能出现言语功能障碍，如失语、构音障碍、语言理解能力下降。其次为肢体偏瘫，这也是最常见的临床后遗症，也是造成脑血栓患者最困扰的地方，因为偏瘫会影响患者的运动及日常生活。部分患者会遗留饮水呛咳，这种患者在进食流质饮食时，会出现明显呛咳，其中部分患者会出现反复的肺感染，需要长期插胃管进行鼻饲治疗。脑血栓形成后，患者因长期卧床，可能会造成下肢静脉血流循环障碍，造成下肢静脉血栓形成等。